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QuEmb documentation
QuEmb documentation
  • Installation
  • API reference
    • quemb.molbe
      • quemb.molbe.autofrag
        • quemb.molbe.autofrag.autogen
        • quemb.molbe.autofrag.chemgen
        • quemb.molbe.autofrag.euclidean_distance
        • quemb.molbe.autofrag.graphgen
        • quemb.molbe.autofrag.ChemGenArgs
          • quemb.molbe.autofrag.ChemGenArgs.__init__
        • quemb.molbe.autofrag.FragmentMap
          • quemb.molbe.autofrag.FragmentMap.__init__
          • quemb.molbe.autofrag.FragmentMap.remove_nonnunique_frags
      • quemb.molbe.be_parallel
        • quemb.molbe.be_parallel.be_func_parallel
        • quemb.molbe.be_parallel.be_func_parallel_u
        • quemb.molbe.be_parallel.run_solver
        • quemb.molbe.be_parallel.run_solver_u
      • quemb.molbe.chemfrag
        • quemb.molbe.chemfrag.restrict_keys
        • quemb.molbe.chemfrag.union_of_seqs
        • quemb.molbe.chemfrag.AutogenOutput
          • quemb.molbe.chemfrag.AutogenOutput.__init__
        • quemb.molbe.chemfrag.BondConnectivity
          • quemb.molbe.chemfrag.BondConnectivity.__init__
          • quemb.molbe.chemfrag.BondConnectivity.from_cartesian
          • quemb.molbe.chemfrag.BondConnectivity.from_mole
          • quemb.molbe.chemfrag.BondConnectivity.get_BE_fragment
          • quemb.molbe.chemfrag.BondConnectivity.get_all_BE_fragments
        • quemb.molbe.chemfrag.Fragmented
          • quemb.molbe.chemfrag.Fragmented.__init__
          • quemb.molbe.chemfrag.Fragmented.from_frag_structure
          • quemb.molbe.chemfrag.Fragmented.from_mole
          • quemb.molbe.chemfrag.Fragmented.match_autogen_output
        • quemb.molbe.chemfrag.PurelyStructureFragmented
          • quemb.molbe.chemfrag.PurelyStructureFragmented.__init__
          • quemb.molbe.chemfrag.PurelyStructureFragmented.from_conn_data
          • quemb.molbe.chemfrag.PurelyStructureFragmented.from_mole
          • quemb.molbe.chemfrag.PurelyStructureFragmented.get_string
          • quemb.molbe.chemfrag.PurelyStructureFragmented.is_ordered
          • quemb.molbe.chemfrag.PurelyStructureFragmented.write_geom
      • quemb.molbe.eri_onthefly
        • quemb.molbe.eri_onthefly.integral_direct_DF
      • quemb.molbe.fragment
        • quemb.molbe.fragment.fragpart
          • quemb.molbe.fragment.fragpart.__init__
          • quemb.molbe.fragment.fragpart.chain
          • quemb.molbe.fragment.fragpart.hchain_simple
      • quemb.molbe.helper
        • quemb.molbe.helper.get_core
        • quemb.molbe.helper.get_eri
        • quemb.molbe.helper.get_frag_energy
        • quemb.molbe.helper.get_frag_energy_u
        • quemb.molbe.helper.get_scfObj
        • quemb.molbe.helper.get_veff
      • quemb.molbe.lchain
        • quemb.molbe.lchain.chain
      • quemb.molbe.lo
        • quemb.molbe.lo.cano_orth
        • quemb.molbe.lo.dot_gen
        • quemb.molbe.lo.get_cano_orth_mat
        • quemb.molbe.lo.get_iao
        • quemb.molbe.lo.get_loc
        • quemb.molbe.lo.get_pao
        • quemb.molbe.lo.get_pao_native
        • quemb.molbe.lo.get_symm_orth_mat
        • quemb.molbe.lo.get_xovlp
        • quemb.molbe.lo.remove_core_mo
        • quemb.molbe.lo.symm_orth
        • quemb.molbe.lo.MixinLocalize
          • quemb.molbe.lo.MixinLocalize.__init__
          • quemb.molbe.lo.MixinLocalize.localize
      • quemb.molbe.mbe
        • quemb.molbe.mbe.initialize_pot
        • quemb.molbe.mbe.BE
          • quemb.molbe.mbe.BE.__init__
          • quemb.molbe.mbe.BE.compute_energy_full
          • quemb.molbe.mbe.BE.get_be_error_jacobian
          • quemb.molbe.mbe.BE.initialize
          • quemb.molbe.mbe.BE.localize
          • quemb.molbe.mbe.BE.oneshot
          • quemb.molbe.mbe.BE.optimize
          • quemb.molbe.mbe.BE.print_ini
          • quemb.molbe.mbe.BE.rdm1_fullbasis
          • quemb.molbe.mbe.BE.read_heff
          • quemb.molbe.mbe.BE.save
          • quemb.molbe.mbe.BE.update_fock
          • quemb.molbe.mbe.BE.write_heff
        • quemb.molbe.mbe.storeBE
          • quemb.molbe.mbe.storeBE.__init__
      • quemb.molbe.misc
        • quemb.molbe.misc.be2fcidump
        • quemb.molbe.misc.be2puffin
        • quemb.molbe.misc.libint2pyscf
        • quemb.molbe.misc.print_energy_cumulant
        • quemb.molbe.misc.print_energy_noncumulant
        • quemb.molbe.misc.ube2fcidump
      • quemb.molbe.opt
        • quemb.molbe.opt.BEOPT
          • quemb.molbe.opt.BEOPT.__init__
          • quemb.molbe.opt.BEOPT.objfunc
          • quemb.molbe.opt.BEOPT.optimize
      • quemb.molbe.pfrag
        • quemb.molbe.pfrag.schmidt_decomposition
        • quemb.molbe.pfrag.Frags
          • quemb.molbe.pfrag.Frags.__init__
          • quemb.molbe.pfrag.Frags.cons_fock
          • quemb.molbe.pfrag.Frags.cons_h1
          • quemb.molbe.pfrag.Frags.get_nsocc
          • quemb.molbe.pfrag.Frags.scf
          • quemb.molbe.pfrag.Frags.sd
          • quemb.molbe.pfrag.Frags.set_udim
          • quemb.molbe.pfrag.Frags.update_ebe_hf
          • quemb.molbe.pfrag.Frags.update_heff
      • quemb.molbe.solver
        • quemb.molbe.solver.be_func
        • quemb.molbe.solver.be_func_u
        • quemb.molbe.solver.solve_block2
        • quemb.molbe.solver.solve_ccsd
        • quemb.molbe.solver.solve_error
        • quemb.molbe.solver.solve_mp2
        • quemb.molbe.solver.solve_uccsd
        • quemb.molbe.solver.DMRG_ArgsUser
          • quemb.molbe.solver.DMRG_ArgsUser.__init__
        • quemb.molbe.solver.SHCI_ArgsUser
          • quemb.molbe.solver.SHCI_ArgsUser.__init__
        • quemb.molbe.solver.UserSolverArgs
          • quemb.molbe.solver.UserSolverArgs.__init__
      • quemb.molbe.sparse_2el_integral
        • quemb.molbe.sparse_2el_integral.gauss_sum
        • quemb.molbe.sparse_2el_integral.to_numba_dict
        • quemb.molbe.sparse_2el_integral.TwoElIntegral
          • quemb.molbe.sparse_2el_integral.TwoElIntegral.__init__
          • quemb.molbe.sparse_2el_integral.TwoElIntegral.compound
      • quemb.molbe.ube
        • quemb.molbe.ube.initialize_pot
        • quemb.molbe.ube.UBE
          • quemb.molbe.ube.UBE.__init__
          • quemb.molbe.ube.UBE.compute_energy_full
          • quemb.molbe.ube.UBE.get_be_error_jacobian
          • quemb.molbe.ube.UBE.initialize
          • quemb.molbe.ube.UBE.localize
          • quemb.molbe.ube.UBE.oneshot
          • quemb.molbe.ube.UBE.optimize
          • quemb.molbe.ube.UBE.print_ini
          • quemb.molbe.ube.UBE.rdm1_fullbasis
          • quemb.molbe.ube.UBE.read_heff
          • quemb.molbe.ube.UBE.save
          • quemb.molbe.ube.UBE.update_fock
          • quemb.molbe.ube.UBE.write_heff
    • quemb.kbe
      • quemb.kbe.autofrag
        • quemb.kbe.autofrag.add_check_k
        • quemb.kbe.autofrag.autogen
        • quemb.kbe.autofrag.be_reduce
        • quemb.kbe.autofrag.kfrag_func
        • quemb.kbe.autofrag.nearestof2coord
        • quemb.kbe.autofrag.sidefunc
        • quemb.kbe.autofrag.surround
        • quemb.kbe.autofrag.warn_large_fragment
      • quemb.kbe.chain
        • quemb.kbe.chain.findH
        • quemb.kbe.chain.polychain
      • quemb.kbe.fragment
        • quemb.kbe.fragment.fragpart
          • quemb.kbe.fragment.fragpart.__init__
          • quemb.kbe.fragment.fragpart.polychain
      • quemb.kbe.helper
        • quemb.kbe.helper.get_veff
      • quemb.kbe.lo
        • quemb.kbe.lo.KMF
          • quemb.kbe.lo.KMF.__init__
        • quemb.kbe.lo.Mixin_k_Localize
          • quemb.kbe.lo.Mixin_k_Localize.__init__
          • quemb.kbe.lo.Mixin_k_Localize.localize
      • quemb.kbe.lo_k
        • quemb.kbe.lo_k.cano_orth
        • quemb.kbe.lo_k.dot_gen
        • quemb.kbe.lo_k.get_cano_orth_mat
        • quemb.kbe.lo_k.get_iao_k
        • quemb.kbe.lo_k.get_pao_k
        • quemb.kbe.lo_k.get_pao_native_k
        • quemb.kbe.lo_k.get_symm_orth_mat_k
        • quemb.kbe.lo_k.get_xovlp_k
        • quemb.kbe.lo_k.remove_core_mo_k
        • quemb.kbe.lo_k.symm_orth_k
      • quemb.kbe.misc
        • quemb.kbe.misc.get_phase
        • quemb.kbe.misc.get_phase1
        • quemb.kbe.misc.print_energy
        • quemb.kbe.misc.sgeom
        • quemb.kbe.misc.storePBE
          • quemb.kbe.misc.storePBE.__init__
      • quemb.kbe.pbe
        • quemb.kbe.pbe.eritransform_parallel
        • quemb.kbe.pbe.initialize_pot
        • quemb.kbe.pbe.parallel_fock_wrapper
        • quemb.kbe.pbe.parallel_scf_wrapper
        • quemb.kbe.pbe.BE
          • quemb.kbe.pbe.BE.__init__
          • quemb.kbe.pbe.BE.ewald_sum
          • quemb.kbe.pbe.BE.get_be_error_jacobian
          • quemb.kbe.pbe.BE.initialize
          • quemb.kbe.pbe.BE.localize
          • quemb.kbe.pbe.BE.oneshot
          • quemb.kbe.pbe.BE.optimize
          • quemb.kbe.pbe.BE.print_ini
          • quemb.kbe.pbe.BE.read_heff
          • quemb.kbe.pbe.BE.save
          • quemb.kbe.pbe.BE.update_fock
          • quemb.kbe.pbe.BE.write_heff
      • quemb.kbe.pfrag
        • quemb.kbe.pfrag.Frags
          • quemb.kbe.pfrag.Frags.__init__
          • quemb.kbe.pfrag.Frags.cons_fock
          • quemb.kbe.pfrag.Frags.cons_h1
          • quemb.kbe.pfrag.Frags.get_nsocc
          • quemb.kbe.pfrag.Frags.scf
          • quemb.kbe.pfrag.Frags.sd
          • quemb.kbe.pfrag.Frags.set_udim
          • quemb.kbe.pfrag.Frags.update_ebe_hf
          • quemb.kbe.pfrag.Frags.update_heff
      • quemb.kbe.solver
        • quemb.kbe.solver.schmidt_decomp_svd
    • quemb.shared
      • quemb.shared.config
        • quemb.shared.config.dump_settings
        • quemb.shared.config.Settings
          • quemb.shared.config.Settings.__init__
      • quemb.shared.external
        • quemb.shared.external.ccsd_rdm
          • quemb.shared.external.ccsd_rdm.make_rdm1_ccsd_t1
          • quemb.shared.external.ccsd_rdm.make_rdm1_uccsd
          • quemb.shared.external.ccsd_rdm.make_rdm2_uccsd
          • quemb.shared.external.ccsd_rdm.make_rdm2_urlx
        • quemb.shared.external.cphf_utils
          • quemb.shared.external.cphf_utils.cphf_kernel
          • quemb.shared.external.cphf_utils.cphf_kernel_batch
          • quemb.shared.external.cphf_utils.get_cphf_A
          • quemb.shared.external.cphf_utils.get_cphf_rhs
          • quemb.shared.external.cphf_utils.get_cpuhf_A
          • quemb.shared.external.cphf_utils.get_cpuhf_A_spin_eri
          • quemb.shared.external.cphf_utils.get_cpuhf_A_spinless_eri
          • quemb.shared.external.cphf_utils.get_cpuhf_u
          • quemb.shared.external.cphf_utils.get_cpuhf_u_batch
          • quemb.shared.external.cphf_utils.get_dP_lagrangian
          • quemb.shared.external.cphf_utils.get_full_u
          • quemb.shared.external.cphf_utils.get_full_u_batch
          • quemb.shared.external.cphf_utils.get_rhf_dP_from_u
          • quemb.shared.external.cphf_utils.get_uhf_dP_from_u
          • quemb.shared.external.cphf_utils.get_zvec
          • quemb.shared.external.cphf_utils.uvo_as_full_u_batch
        • quemb.shared.external.cpmp2_utils
          • quemb.shared.external.cpmp2_utils.get_Diajb_r
          • quemb.shared.external.cpmp2_utils.get_Diajb_u
          • quemb.shared.external.cpmp2_utils.get_Pmp2_r
          • quemb.shared.external.cpmp2_utils.get_Pmp2_u
          • quemb.shared.external.cpmp2_utils.get_dF_r
          • quemb.shared.external.cpmp2_utils.get_dF_u
          • quemb.shared.external.cpmp2_utils.get_dPmp2_batch_r
          • quemb.shared.external.cpmp2_utils.get_dPmp2_batch_u
          • quemb.shared.external.cpmp2_utils.get_dVovov_r
          • quemb.shared.external.cpmp2_utils.get_dVovov_u
          • quemb.shared.external.cpmp2_utils.get_dmoe_F_r
          • quemb.shared.external.cpmp2_utils.get_dmoe_F_u
          • quemb.shared.external.cpmp2_utils.get_full_u_F_r
          • quemb.shared.external.cpmp2_utils.get_full_u_F_u
        • quemb.shared.external.jac_utils
          • quemb.shared.external.jac_utils.get_Vmogen_r
          • quemb.shared.external.jac_utils.get_dPccsdurlx_batch_u
          • quemb.shared.external.jac_utils.get_dVmogen_r
          • quemb.shared.external.jac_utils.get_dt1ao_an
          • quemb.shared.external.jac_utils.get_t1
        • quemb.shared.external.lo_helper
          • quemb.shared.external.lo_helper.get_aoind_by_atom
          • quemb.shared.external.lo_helper.get_symm_mat_pow
          • quemb.shared.external.lo_helper.reorder_by_atom_
        • quemb.shared.external.optqn
          • quemb.shared.external.optqn.ccsdres_func
          • quemb.shared.external.optqn.get_atbe_Jblock_frag
          • quemb.shared.external.optqn.get_be_error_jacobian
          • quemb.shared.external.optqn.get_be_error_jacobian_selffrag
          • quemb.shared.external.optqn.get_vpots_frag
          • quemb.shared.external.optqn.hfres_func
          • quemb.shared.external.optqn.line_search_LF
          • quemb.shared.external.optqn.mp2res_func
          • quemb.shared.external.optqn.trustRegion
          • quemb.shared.external.optqn.FrankQN
            • quemb.shared.external.optqn.FrankQN.__init__
            • quemb.shared.external.optqn.FrankQN.get_Bnfn
            • quemb.shared.external.optqn.FrankQN.next_step
        • quemb.shared.external.uccsd_eri
          • quemb.shared.external.uccsd_eri.frank_get_fock
          • quemb.shared.external.uccsd_eri.frank_get_veff
          • quemb.shared.external.uccsd_eri.make_eris_incore
        • quemb.shared.external.unrestricted_utils
          • quemb.shared.external.unrestricted_utils.make_uhf_obj
          • quemb.shared.external.unrestricted_utils.restore_eri_gen
          • quemb.shared.external.unrestricted_utils.uccsd_restore_eris
      • quemb.shared.helper
        • quemb.shared.helper.add_docstring
        • quemb.shared.helper.add_init_docstring
        • quemb.shared.helper.copy_docstring
        • quemb.shared.helper.delete_multiple_files
        • quemb.shared.helper.ncore_
        • quemb.shared.helper.unused
        • quemb.shared.helper.Timer
          • quemb.shared.helper.Timer.__init__
          • quemb.shared.helper.Timer.elapsed
          • quemb.shared.helper.Timer.str_elapsed
      • quemb.shared.io
        • quemb.shared.io.write_cube
      • quemb.shared.manage_scratch
        • quemb.shared.manage_scratch.WorkDir
          • quemb.shared.manage_scratch.WorkDir.__init__
          • quemb.shared.manage_scratch.WorkDir.cleanup
          • quemb.shared.manage_scratch.WorkDir.from_environment
      • quemb.shared.typing
        • quemb.shared.typing.T_dtype_co
        • quemb.shared.typing.Vector
        • quemb.shared.typing.Matrix
        • quemb.shared.typing.Tensor3D
        • quemb.shared.typing.Tensor4D
        • quemb.shared.typing.Tensor5D
        • quemb.shared.typing.Tensor6D
        • quemb.shared.typing.Tensor7D
        • quemb.shared.typing.Tensor
        • quemb.shared.typing.PathLike
        • quemb.shared.typing.KwargDict
        • quemb.shared.typing.T
        • quemb.shared.typing.AOIdx
        • quemb.shared.typing.GlobalAOIdx
        • quemb.shared.typing.OwnRelAOIdx
        • quemb.shared.typing.OtherRelAOIdx
        • quemb.shared.typing.FragmentIdx
        • quemb.shared.typing.MotifIdx
        • quemb.shared.typing.CenterIdx
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quemb.molbe.chemfrag.Fragmented.match_autogen_output¶

Fragmented.match_autogen_output()¶

Match the output of quemb.molbe.autofrag.autogen().

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AutogenOutput

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